内蒙古农业大学教学兽医院成立于1954年，现有宠物医院和马医院2个分院。医院除了为兽医学相关专业的课程学习提供教学实验支持，承担兽医学科的科学研究以及年轻教师和博士、硕士研究生的培养工作外，对外还承担着动物疾病诊断、治疗和预防工作。

宠物医院位于学校东区，现有房屋面积1950平方米，设有门诊室、诊疗室、化验室、手术室、药房、处置室、超声波诊断室、放射诊断室、住院部、消毒洗涤室、中兽医及针灸理疗室，并开展宠物美容及宠物用品销售业务。医院配备有美国ClearVetDR16型X光机、MikasaCRX光机、意大利百胜MyLab30和MyLab60动物彩超系统、内窥镜等设备；化验设备包括美国爱德士、法国MSL、日本爱科来和希思美康公司的血常规测定仪（五分类）、血液生化测定仪、尿常规测定仪、血气测定仪、血型血凝测定仪、爱科来CRP测定仪等设备。手术室除配备常规外科手术、骨科、口腔和眼科器械外，还有进口呼吸麻醉机、高频电刀、手术监护仪、显微手术仪等先进设备，并且安装有数码可视手术操作系统，可实时观察手术全过程。目前，医院12名临床教师均获得了国家执业兽医资格，其中有教授3名，副教授4名，讲师和实验师5名，7人拥有兽医博士学位，5人拥有兽医硕士学位。

马医院位于学校南区，2020年3月竣工并投入使用，是内蒙古自治区第一所设备先进、门类齐全的现代化马医院。医院设有影像中心、检查室、处置室、住院部、外科手术室、麻醉诱导室、器械库和消毒室，可开展马软组织手术、骨科手术、眼科手术、牙科手术以及X射线、B超、血液学检查和内窥镜检查。医院拥有目前最先进的整套硅胶仿真马模具，既能提高动物福利，又可满足兽医学院师生临床实训的需求。为推动马医院建设，学院动员全体教师积极参与，发挥各专业专长，为马匹提供全方位的疾病诊治服务。近年来，学院致力于培育高水平的“马医生”。2012年招收了第一批动物医学（马兽医专业方向）的学生，毕业生就业前景广阔。新成立的马医院将培养更多的“马医生”，提供对外服务、做好各类马赛的医疗保障及违禁检测等工作，力争创建成国内具有一流设备、一流水平、一流服务的现代化马医院。

自教学兽医院成立以来，学院坚持实行教学、科研和临床实践三结合，充分发挥学院教师专业知识深厚、临床经验丰富的优势，组成科研小组进行攻关，解决临床难题，受到社会的一致认可，为学校赢得了良好声誉。为进一步提高兽医学及相关专业学生的临床实践能力和综合素质，医院与北京、上海、广州、深圳、天津、沈阳、无锡、呼和浩特和包头等地的动物疾病诊疗机构合作，建立了40余个临床实践校外实习基地。